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琉球諸島は太平洋側の琉球海溝と東シナ海側の沖縄トラフに挟まれる。
琉球海溝はフィリピン海プレートがユーラシアプレートに潜り込むことにより出来た。東日本の日本海溝と同様の成因である。
沖縄トラフはユーラシアプレート上に出来た窪みである。
琉球諸島の島々はサンゴが発達して出来た石灰岩から成るため、雨水の浸食により洞窟が多く見られる。
石垣島にある沖縄県最高峰の於茂登岳（標高526m）の岩石はサンゴの基盤である花崗岩が露出したものである。